Fluorescensmikroskop kan deles inn i to typer i henhold til det optiske bane -prinsippet:
1. Transmisjonsfluorescensmikroskop
Eldre fluorescensmikroskop bruker søkelyset for å begeistre fluorescens ved å passere eksitasjonslyskilden gjennom prøvematerialet. Fordelen er sterk fluorescens ved lav forstørrelse, men ulempen er at fluorescensen avtar med økende forstørrelse. Så det er bare egnet for å observere større prøvematerialer.
2. Fallende lysfluorescensmikroskop
Eksitasjonslyset faller ned fra objektivlinsen på overflaten av prøven, ved å bruke det samme objektlinsen som belysningskondensatoren og objektivlinsen for å samle fluorescens.
En dobbel fargestrålsplitter (dikroisk speil) må tilsettes den optiske banen, som danner en 45 graders vinkel med den optiske aksen. Eksitasjonslyset reflekteres i objektivlinsen og fokuserer på prøven. Fluorescensen som genereres av prøven, så vel som eksitasjonslyset som reflekteres fra overflaten av objektivlinsen og dekkglasset, går inn i objektivlinsen samtidig og går tilbake til den dobbelte fargestrålsplitteren for å skille eksitasjonslyset og fluorescensen. Det gjenværende eksitasjonslyset blokkeres deretter av filterabsorpsjonen. Hvis forskjellige kombinasjoner av eksitasjonsfilter, dobbeltfargestråleseparatorer og blokkerende filtre brukes, kan de imøtekomme behovene til forskjellige fluorescerende reaksjonsprodukter.
Fordelene med dette fluorescensmikroskopet er ensartet feltbelysning, tydelig avbildning og sterkere fluorescens med større forstørrelse.
3. Fasekontrastmikroskop
Fasekontrastmikroskop er et mikroskop som kan konvertere faseforskjellen (eller optisk baneforskjell) generert når lys passerer gjennom et objekt til amplitude (lysintensitet) endres. Hovedsakelig brukt til å observere levende celler, uoppholdede vevsseksjoner eller fargede prøver som mangler kontrast.
Det menneskelige øyet kan bare skille endringer i bølgelengden (fargen) og amplituden til synlig lys, men kan ikke skille endringer i fase. De fleste biologiske prøver er svært gjennomsiktige, og amplituden til lysbølger forblir i utgangspunktet uendret etter å ha passert gjennom, med bare faseendringer.
Fasekontrastmikroskopet konverterer i utgangspunktet den optiske baneforskjellen for synlig lys som passerer gjennom prøven til amplitudeforskjell, og forbedrer dermed kontrasten mellom forskjellige strukturer og gjør dem klare og synlige. Etter å ha passert gjennom prøven, gjennomgår lyset brytning, avviker fra den opprinnelige optiske banen og blir forsinket med 1/4 λ (bølgelengde). Hvis den optiske baneforskjellen økes eller reduseres med ytterligere 1/4 λ, blir den optiske baneforskjellen 1/2 λ, og interferensen mellom de to lysstrålene øker eller avtar etter at aksen er kombinert, noe som forbedrer kontrasten.
